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PubChem(公共化合物数据库计划),即有机小分子生物活性数据

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PubChem介绍

PubChem(公共化合物数据库计划),即有机小分子生物活性数据,是一种化学模组的数据库,由美国国家健康研究院( US National Institutes of Health,NIH)支持,美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)负责维护。该数据库于20049月启动,旨在促进小分子数据资源的公共利用,可经由网站直接存取,数以万计的化学组成资料集可经由FTP免费下载。

PubChem数据库包括 3个子数据库:

PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据,实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献;

PubChem Compound 库用于存储整理后的化合物化学结构信息;

PubChem Substance 用于存储机构和个人上传的化合物原始数据。

除此之外PubChem还包含5部分内容:Bioactivities(生物活性)Bioassays(生物测定)Compounds(化合物)Patents(专利)Targets等信息。

PubChem 数据内容统计

化合物:110,601,463 从贡献的 PubChem 物质记录中提取的独特化学结构

物质:272,676,002 由 PubChem 贡献者提供的有关化学实体的信息

BioAssays: 1,391,308 个生物实验由 PubChem 贡献者提供

生物活性 :PubChem BioAssays 中报告的 292,067,932 个生物活性数据点

基因: 在 PubChem BioAssays 和 PubChem Pathways 中测试的 103,715 个基因靶标

蛋白质 :在 PubChem BioAssays 和 PubChem Pathways 中测试的 96,561 个蛋白质靶标

分类法: 112,763 在 PubChem BioAssays 中测试的目标生物和参与 PubChem Pathways 的生物

通路 :237,925 化学物质、基因和蛋白质之间的相互作用

文献 :32,932,554 篇科学出版物与 PubChem 中的链接

专利 :29,940,379 项专利与 PubChem 中的链接

数据源: 808 个组织向 PubChem 提供数据

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