CTD毒理基因组学
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比较毒理基因组学数据库(CTD)它将化学品、基因、表型、疾病和暴露的毒理学信息联系起来,以促进对人类健康的了解。

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公共比较毒理基因组学数据库(CTD,http://ctdbase.org/)是一个创新的数字生态系统,它将化学品、基因、表型、疾病和暴露的毒理学信息联系起来,以促进对人类健康的了解。整合了基于文献、人工策划的交互,以创建一个知识库,协调跨物种异质数据的化学暴露及其生物影响。在这两年一次的更新中,报告CTD的含量增加了20%,现在提供了4500万个毒性基因组关系,涉及600个比较物种的16300多种化学品、51300个基因、5500种表型、7200种疾病和163000次暴露事件。此外,通过CTD疾病页面上的新数据选项卡(帮助填补环境健康方面的知识空白)和新的表型搜索参数(用于批量查询和维恩分析工具),增加了化学表型内容的功能。此外,还介绍了新的CTD解剖学页面,允许用户从解剖学角度独特地探索和分析化学-表型相互作用。最后,用新的基于文献的化学同义词增强了CTD化学页面(以改进查询),并添加了1600个基于氨基酸的化合物(以增加化学景观)。总之,这些更新继续增强CTD作为一个强大的资源,以产生关于环境影响疾病的病因和分子机制的可测试的假设。

首先这是首页界面,可以根据自己想了解的疾病、化学品、基因和通路等进行搜索。我们以气道梗阻为例,首先进入视野的就是进本信息,然后是化学品与基因相互作用,其次是气道梗阻相关化学品,之后是气道梗阻相关基因,最后还有表型和通路相关数据。

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该数据库还将解剖学及其相关表型与环境化学物质联系起来,使它们可计算用于荟萃分析,并使 CTD 中化学和表型景观的解剖学视角成为可能。2020 年, CTD 利用医学主题词中“解剖学”分支的修改子集作为其受控词汇源,其中包括 1799 个用于解剖结构和区域、生理系统、流体和组织、细胞和亚细胞成分的术语。 目前,CTD中超过247000种化学-表型相互作用使用了870个解剖学术语。 用户可以通过选择门户图标向下钻取可导航层次结构或使用 CTD 关键字搜索框中的“解剖”选择列表选项,从主页访问 CTD Anatomy。CTD Anatomy 页面组织和合并数据,允许用户从解剖学角度探索交互;这可用于识别不同生理系统(例如肾脏、肝脏、大脑和心血管系统)独有或共享的化学物质和表型,或发现例如影响影响的 1158 种化学物质 心脏中有 600 种表型。同样,已经开始将 CTD 暴露与 CTD 解剖学相结合,使环境健康科学家能够调查暴露研究和组织和系统暴露化学应激诱导表型的细节。最后,为了帮助提高数据库的互操作性。

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