Binding靶点蛋白
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药研数据库
Binding靶点蛋白

Binding database数据库是一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据类型包括Ki、IC50、Kd、EC50等

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Binding database数据库是一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据库,目的是使研究者更容易通过网络获取相关分子的非共价结合数据,从而促进药物研发和结合预测模型的构建。BindingDB的数据来自PDB相关文献报道数据、专利信息、PubChem BioAssays数据和ChEMBL记录数据。亲和力数据来自多种测量技术,包括酶抑制活性和酶动力学等温滴定量热法(isothermal titration calorimetry,ITC)、核磁共振(NMR)以及放射性配体竞争测定法等,数据的类型包括Ki、IC50、Kd、EC50等。BindingDB同时提供通路信息、化合物ZINC编号以及其他信息。

BindingDB同时提供通路信息、化合物ZINC 编号以及其他信息。BindingDB 与PDB、PubMed、DrugBank 等多个外部数据库网站进行整合,提供数据互访链接,同时其也是PDB 数据库中受体-配体结合亲和力的数据来源之一。BindingDB 自2007 年发布以来,数据每周更新,用户可以通过靶点名称、靶点序列、药物名称、药物结构和通路信息等多种方式进行检索,同时提供数据库数据下载和网络服务应用程序编程接口(ApplicationProgrammingInterface,API),方便用户检索获取服务器数据。数据库当前包含6 929 个蛋白靶点和505 999个小分子之间1 161 912 个结合数据。在拥有亲和力值的蛋白质- 配体晶体复合物中有2 291 个蛋白质拥有100% 的序列一致性,5 816 个蛋白质拥有85% 的序列一致性。

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