比较毒理学数据库 (CTD,Ctdbase)依据基因、药物进行查找研究详解

无论你是想根据基因,想找到相关疾病和药物,还是根据药物寻找相关疾病和基因,你都可以使用这个数据库,在生物信息分析方面,若筛选到预后基因,也可以通过这个网站拓展可能的有效药物,希望今天的介绍会对各位的科研之路上有所帮助。

无论你是想根据基因,想找到相关疾病和药物,还是根据药物寻找相关疾病和基因,你都可以使用这个数据库,在生物信息分析方面,若筛选到预后基因,也可以通过这个网站拓展可能的有效药物,希望今天的介绍会对各位的科研之路上有所帮助。

数据库CTD http://ctdbase.org/

CTD数据库可用研究基于化学,基因,表型,疾病和环境之间的关联,可以促进人们对化学药物和人类健康的了解。 CTD包括超过230万种化学药物,46689个基因,4340个表型和7212种疾病的基因,化学表型,药物相关疾病,基因相关疾病和药物相互作用,自上次更新以来,内容增加了46%,与其他数据集集成后,产生的药物基因组关联超过3800万。这些更新将会继续完善CTD数据库,并有助于为有关受环境影响的疾病的病因和机制提供新的验证假说。

查询蛋白与哪些疾病有关

①我们以研究TP53基因为例:在右上角关键词检索栏里调整项目栏为gene,键入TP53,点击Search进行检索。

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②在结果列表中,我们可以单击基因名称旁边的蓝色小图标即可直接转到TP53的“疾病”选项中,也可以点击黄色“TP53”基因名,再单击TP53基因页面的Diseases选项。

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③“疾病”选项中列出了与TP53相关的疾病,基因与疾病的关系以及相关的参考文献,在网页左下角可以选择数据下载方式。

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药物与哪些疾病有关

❶我们以二甲双胍为例,在检索栏中选择“chemicals”,输入二甲双胍metformin,点击Search进行检索。

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❷在结果列表中,我们可以单击化学名称旁边的 蓝色疾病图标可直接转到该化学物质的“疾病”选项,或者从结果列表中单击化学名称“metformin”也可进入“疾病”选项。

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药物与哪些基因有关

①与之前的方法相同,输入需要检索的药物名称,在结果列表单击药物名称旁边的X形基因图标可直接转到该化学的“基因”选项,或从结果列表中单击药物名称进入“基因”选项。

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②“基因”选项列出了所检索药物的所有相互作用基因。我们可以通过单击标题对列进行排序。要查看化学-基因或化学-蛋白质相互作用,生物途径等我们可以点击“Interactions”选项或基因旁边的相互作用链接。

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药物是如何影响该基因?

在下拉“Search”菜单下,选择Chemical–Gene Interaction进行查询。

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我们仍然以二甲双胍和TP53为例。从“chemical”搜索框旁边的下拉菜单中选择“equals”。键入“metformin”。从化学基因相互作用类型字段的下拉菜单中选择“any”。从“gene”字段的下拉菜单中选择“equals”。在“gene”搜索框中键入TP53,最后单击搜索按钮即可获得相关研究结果。

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哪些化学物质与某癌症有关

❶我们回到检索页面,对肺癌进行疾病 关键字搜索。我们以胃癌为例,选择“Disease”,键入“gastric cancer”点击检索。

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❷在结果列表中,我们可以单击疾病名称旁边的黄色锥形瓶样 化学图标可直接转到该疾病的“化学物质”选项,或从结果列表中选择单击“胃癌”链接进入“化学物质”页面。

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❸结果列表包含化学名称,疾病,化学与疾病的关系以及与疾病相关参考文献的链接。默认情况下,结果按化学名称的字母顺序显示。粗体标明了疾病与治疗或标志物/分子机制的关系。推断的结果是通过预定的化学-基因相互作用建立的(例如,化学药物A与疾病B相关是因为化学A与基因C具有一定的相互作用,而基因C与疾病B具有一定的关系),单击列标题可以对结果进行排序。

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重金属会影响哪些转录因子?

在下拉“Search”菜单下,选择“gene”查询。

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① 从“chemical”搜索框旁边的下拉菜单中选择“contains”。键入重金属的化学搜索框。

② 从Chemical-gene interaction字段的下拉菜单中选择任何。

③ 从“Gene Ontology”搜索框旁边的下拉菜单中选择“contains”。在“Gene Ontology”搜索框中键入转录因子活性。

④ 单击Search按钮。

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结果列表显示了转录因子,其活性受重金属影响。化学图标()直接链接到基因的化学数据。疾病图标()直接链接到基因的疾病数据。

快速查询药物与基因互作参考文献

在下拉Search菜单下,选择References查询。

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①从“Chemical”搜索框旁边的下拉菜单中选择“equals”。键入Zinc到化学物质搜索框。

②从化学基因相互作用类型字段的下拉菜单中选择any。

③从“Gene”字段的下拉菜单中选择“equals”。在“gene”搜索框中键入P53。

④单击搜索按钮。

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选定的搜索词在“参考查询结果”页面上突出显示。

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与研究药物相互作用基因的GO分析

使用批处理查询工具执行此高级查询,并导出大量数据以进行进一步分析。

在“Search ”下拉菜单下,选择“Batch Query”工具。

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❶选择化学品作为输入类型。

❷检索框中输入TCDD和双酚A。

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①在查询表单的结果部分中选择基因本体关联。

② 选择所有GO关联或仅选择enriched(推荐)。

③选择至少一个本体。

④选择首选的结果格式。

⑤点击提交。

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结果页面包括输入数据(TCDD或双酚A),化学名称,化学ID和Cas RN,基因符号,基因ID,本体,Go术语和Go ID的值。与输入数据完全匹配的所有化学品将显示在结果中。

如果想要进一步分析结果,请将结果另存为文本文件(txt),然后将其导入Excel。

通过以上操作获得的疾病、药物、基因,将数据下载下来,导入到Cytoscape软件当中,即可获得像这样的网络图:

比较毒理学数据库 (CTD,Ctdbase)依据基因、药物进行查找研究详解

总之,CTD数据库能够充分联合药物、基因与疾病之间的内在关系,网站菜单式操作简单易学,包含的数据库十分庞大。该数据库两年更新一次,一直有后台维护,不用担心数据老旧,网站停用等现象。CTD可研究的疾病包含肿瘤、常见病甚至包含罕见病数据,样本也不止限于组织血液,也包含多种细胞系外泌体等等。

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